|
|
Tool for Visualization of Microbiome Data
Mišáková, Silvia ; Martínek, Tomáš (referee) ; Smatana, Stanislav (advisor)
Táto práca sa zameriava na vytvorenie nového nástroja pre vizualizáciu mikrobiomových dát. Vytvorený nástroj používa pre redukciu dimenzií analýzu hlavných komponent (PCA) a analýzu hlavných súradníc (PCoA). V prípade výpočtu dištančnej matice sú použité metriky Bray-Curtis odlišnosť a UniFrac. Spracované dáta sú následne ofarbené na základe užívateľom zvolených metadát. Výsledky sú prezentované pomocou dvoch typov grafov. Prvý z nich je stĺpcový a zobrazuje podiel každej hlavnej zložky. Druhý, bodový graf, vizualizuje konečný výsledok požadovanej analýzy. V rámci práce bola pridaná možnosť stiahnuť si vypočítanú maticu a taktiež tabuľku prvých N hlavných zložiek vypočítaných danou analýzou.
|
|
|
Application for the Data Processing in the Area of Genome Engineering
Brychta, Jan ; Burgetová, Ivana (referee) ; Očenášek, Pavel (advisor)
This masters thesis has a few objectives. One of them is to acquaint with the problems of genome engineering, especially with fragmentation of DNA, the macromolecule DNA, the methods for purification and separation of the nucleic acids, the enzymes used for modification of these acids, amplification and get to know with cluster and gradient analysis as well. The next aim is to peruse the existed application and compare it to the layout of the proposed application, that is the third aim. The last one from the objectives is the implementation and the report how was the application tested by the real data. The results will be discussed as well as the possibilities of the further extension.
|
|
|
Tool for Visualization of Microbiome Data
Mišáková, Silvia ; Martínek, Tomáš (referee) ; Smatana, Stanislav (advisor)
Táto práca sa zameriava na vytvorenie nového nástroja pre vizualizáciu mikrobiomových dát. Vytvorený nástroj používa pre redukciu dimenzií analýzu hlavných komponent (PCA) a analýzu hlavných súradníc (PCoA). V prípade výpočtu dištančnej matice sú použité metriky Bray-Curtis odlišnosť a UniFrac. Spracované dáta sú následne ofarbené na základe užívateľom zvolených metadát. Výsledky sú prezentované pomocou dvoch typov grafov. Prvý z nich je stĺpcový a zobrazuje podiel každej hlavnej zložky. Druhý, bodový graf, vizualizuje konečný výsledok požadovanej analýzy. V rámci práce bola pridaná možnosť stiahnuť si vypočítanú maticu a taktiež tabuľku prvých N hlavných zložiek vypočítaných danou analýzou.
|
|
|
Application for the Data Processing in the Area of Genome Engineering
Brychta, Jan ; Burgetová, Ivana (referee) ; Očenášek, Pavel (advisor)
This masters thesis has a few objectives. One of them is to acquaint with the problems of genome engineering, especially with fragmentation of DNA, the macromolecule DNA, the methods for purification and separation of the nucleic acids, the enzymes used for modification of these acids, amplification and get to know with cluster and gradient analysis as well. The next aim is to peruse the existed application and compare it to the layout of the proposed application, that is the third aim. The last one from the objectives is the implementation and the report how was the application tested by the real data. The results will be discussed as well as the possibilities of the further extension.
|
guest ::
